青年军是国民政府在抗战末期成立的一支政治性较强的军队。1943年，为响应蒋介石提出的“一寸河山一寸血、十万青年十万军”的号召，大量知识青年被动员从军。在此之前，为补充驻印军特种兵（如汽车团、炮兵团等），部分新兵补训处曾招收少量知识青年，成立几个团，并陆续将他们空运至印度。

一九四四年日寇由湖南长驱直入，经广西到达贵州边境，重庆震动。为应付当时的局势，蒋介石提出“一寸河山一寸血，十万青年十万军”的口号，号召知识青年从军，并成立“知识青年从军征集委员会”，亲自担任主任委员，党、团、军、政各方面负责人及各大学校长、社会名流等担任委员，蒋经国也是委员一。为了鼓励知识青年从军，还提出各种优待条件，如：复员后可以免考免费升学；愿意就业的可以优先就业；大学生可以公费留学，等等。这样，在很短时间内，先后成立了青年军九个师。蒋介石成立青年军的用意，不仅是为了扩充抗战力量，其更重要的目的，首先是在政治上与中共争夺青年，因当时许多爱国青年都认为到延安去是“抗日救亡”之道，其次是要把青年军办成一个训练干部的大学校，重建“黄埔精神”，创立新军，为大规模扩军、反共打内战作准备。因此，蒋介石对青年军的人事安排很重视，师长由他亲自挑选（实际上多半是陈诚、胡宗南推荐），团长由嫡系部队挑选少将级干部担任。团以下干部则由各部队择优保送到青年军训练总监部所属的干部训练团受短期训练后，选派到各师任用。

1944年，日本已经在太平洋战场节节败退，中国战场已经从43年起转入反攻阶段日本军队在中国南方发动的豫湘桂战役，已经是拼凑起来的非精锐部队。而接收了绝大部分国际军事援助物资，特别是美式装备的国民党军队，“陪都重庆，面临威胁，政府打算必要时，迁都西康。”，在这样的情况下，蒋介石发出“战争总动员”，发出“一寸山河一寸血，十万青年十万军”的号召，这就是这句“一寸山河一寸血”的由来。

青年军成立初期的各师师长是：二○一师戴之奇，二○二师罗泽闿，二○三师钟彬，二○四师覃异之，二○五师刘安琪，二○六师杨彬，二○七师罗又伦，二○八师黄珍吾，二○九师温鸣剑。青年军训练总监罗卓英是陈诚的重要助手，副监兼东南分监黄维是陈诚的亲信干部。各师的主要官佐不少是陈系的人，以二○四师为例：副师长吴啸亚是陈的小同乡；参谋长唐肇谟、参谋处长卢庆善、六一○团团长胡一、六一一团团长黄绶绅、六一二团团长蓝啸声，山炮营、野炮营、工兵营的营长等，都是18军（陈的基本部队）系统的人。政工人员则以蒋经国领导的三青团中央干校学员为骨干，把大专学校从军的青年集中起来，成立“青年军政工干部训练班”，蒋经国任班主任，训练为期一个月。第一期一九四五年十二月开学，一九四六年一月结业，约一千人。训练班设在三青团中央干校内，工作干部完全由干校人员兼任。干训班的教育，基本上搬用赣南“江西青干班”那一套。蒋经国常常与青年一道活动，特别令人注目的是，他往往在寒冷的早晨，光着膀子带青年们跑步。他这种作风，当时曾博得青年人的好感。

政工部名义上虽属总监部领导，实际上除经费补给由总监部转发外，一切都是自搞一套。青年军成立政治部时，由蒋经国任中将主任。各师政治部主任，除余纪忠、范魁书（蒋经国的亲信）有实权外，大多数都是挂名的，实际工作由他的亲信副主任负责，如二○四师政治部主任刘炳黎（复兴社分子）是教授，除到各团作政治讲演外，一切具体工作都由副主任洪长铭掌握。各团督导员及师政治部组训科长、总干事等主要干部，均由三青团中央干校研究部学员担任。一般连级政工干部，则由政工班结业学员担任。从青年军的人事实排，已经初步看出“蒋介石——陈诚——蒋经国”的布局。有人说青年军是蒋经国登上政治舞台、准备接班的一股政治力量，这种说法不无道理。

蒋经国在青年军的政治工作，主要抓以下几点：一、通过康乐活动（文体活动）使政工干部与士兵打成一片（团有俱乐部、连有康乐室），二、通过小组活动，了解士兵的思想情况；三、逐步在士兵中培养爪牙。具体作法是：从每班士兵中各选出一二名，组成全团“小组长训练班”，由团督导员亲自负责，在师政治部协助下，经过一个月的训练后，回到各连任学习小组长；师政治部从每排士兵中各选出一名或二名，组成师“康乐干部训练班”，经过一个月的训练，回连协助连训导员搞康乐活动。以上这些经过短期训练的士兵，后来大多数成了蒋经国在青年军士兵中的骨干分子。

一九四五年九月日寇投降后，蒋介石最初决定把二○八师、二○九师合编为三十一军，由黄维任军长，开到杭州集中；二○四师、二○五师合编为第六军，由刘安琪任军长，开到粤汉路护路；二○二师、二○三师合编为第九军，开到沪宁路护路。不久又把第三十一军整编为二○八师，由吴啸亚任师长；第六军整编为二○五师，由覃异之任师长；钟彬军整编为二○二师，由罗泽闿任师长。

蒋介石最初并未考虑到第一批青年军很快就复员，因而未作复员的准备。约在一九四六年初，各师都有一部分青年要求复员升学、就业。蒋经国怀疑有共产党分子从中鼓动，乃密令政工干部在各连队组织“防奸小组”；同时为了安定军心，宣布复员前必须进行三个月的预备军官教育，期满后发给预备军官证书。在这三个月期间，一方面加强反共宣传，派一些反共教师到各师巡回讲演，如反共专家叶青曾到二○四师作过两星期的宣传；一方面集体参加三青团。青年军的师长刘安祺、覃异之，师政治部主任余纪忠、范魁书等成了三青团的中央干事，有些师长和政治部主任成了中央监事。有人认为，这是蒋经国用青年军来吞并三青团，曾提出过反对意见。至此，蒋经国实际上已控制了三青团。

一九四六年秋在庐山召开三青团代表大会时，听说蒋介石曾企图以三青团为骨干去改组国民党，因元老派及CC系反对，结果用“党团合并”来解这个矛盾。三青团的中央干事成了党的中央委员，团的中央监事成了党的中央监察委员，蒋经国的亲信郑彦棻成了中央委员会的副秘书长。从此，蒋经国在国民党中央委员会中也有了自己的一派。

青年军的复员管理工作，实际上是控制复员青年军的工作。“复员管理处”名义上由陈诚任处长，实际上由副处长蒋经国负责。管理处后来改为国防部预备干部局，由蒋经国任局长。一九四六年六月三日，正式宣布第一批青年军复员，并规定这一天是“复员节”。蒋经国控制复员青年军的作法是：一、复员前夕，以地区为单位成立“通讯小组”（如武汉通讯小组、郑州通讯小组等等），并创办《曙光报》作为通讯联络的刊物。各小组负责人是复员青年中拥蒋的骨干分子，直接与预干局联系，在各地上学和就业的复员青年军，既受当地三青团组织的领导，又参加当地的通讯小组；二、一九四七年改为“青年军联谊会”；三、每年夏季在各地组织夏令营活动，把各地的复员青年军集中起来，受一次短期训练。

第一批青年军大部分复员，其中一部分志愿留营的，由各师根据留营的人数，编成教导团或教导营（二○五师编成教导团），准备担任第二批青年军的班长或副排长，一律以预备军官待遇，以后根据工作成绩，分批送中央军校受训。复员的青年军分为“升学”、“就业”两部分。就业的送入新成立的就业训练班，在训练中陆续分配到各机关团体工作。升学部分中，上大专院校的，送入各地成立的补习班或直接进入各院校，上中学的，除介绍到各地中学外，可进入三青团在各地成立的“青年中学”。各校的复员青年军不少人成了破坏学生运动的打手。重庆的青年中学在解放战争中扩充成反共的武装部队。许多复员的青年军后来成了蒋经国“青年勘乱建国大队”的骨干分子，也是他建立自己特务系统的基本力量。